高新技术企业核查中最常见且风险较高的税收风险点

高新技术企业（以下简称“高企”）资格认定后，企业可以享受15%的优惠企业所得税税率、研发费用加计扣除、增值税5%加计抵减，还可以申请高新认定与研发投入财政补贴，这是一项重大的税收优惠套餐。

2025年多省市因土地财政收缩、经济增速放缓等因素面临财政收入压力，部分基层税务机关为完成税收任务，对已享受优惠的企业开展“回溯性稽查”。在此背景下，税务部门会进行严格的事后核查（包括定期抽查和专项检查），以确保企业持续符合高企认定条件。如果核查中发现不符合条件的，不仅会被取消资格、追缴已享受的优惠税款，还可能面临滞纳金甚至罚款。以下是高新技术企业核查中最常见且风险较高的税收风险点：

一、核心知识产权风险点

1、权属与相关性不符：

（1）申报的核心知识产权（主要是专利、计算机软件著作权等）权属不清，非企业独占许可或自主研发。

（2）知识产权与企业主要产品（服务）的核心技术关联性不强或无实质关联。核查时会深入分析技术说明、产品说明书等，判断知识产权是否真正支撑了产品的核心技术。

（3）通过非正常手段（如突击购买、关联方转让）获取的知识产权，缺乏研发过程和投入支撑。

2、有效性不足：

（1）知识产权在申报年度或享受优惠期间已失效（如未缴年费导致专利权终止）。

（2）核心知识产权数量不足，或类型不符合要求（例如，过度依赖实用新型和外观设计，发明专利占比过低，且被质疑创新高度不足）。

二、研发费用归集风险点(这是核查的重中之重！)

1、归集范围不准确/扩大化：

（1）将非研发人员的工资薪金（如管理人员、生产人员、销售人员）计入研发费用。

（2）将与研发活动无直接关系的支出（如一般性管理费、市场推广费、产品销售费用、生产设备折旧、普通办公费）计入研发费用。

（3）研发活动与非研发活动（如生产、中试、质量控制）共用资源（设备、人员、材料）时，分摊依据不合理、不清晰或缺乏原始凭证支持。工时记录缺失或不可靠是常见问题。

2、直接投入费用问题：

（1）将用于生产或销售的材料、燃料动力计入研发费用。

（2）研发领料单与研发项目对应关系不清，或实际用于生产的材料被计入研发。

（3）用于研发的设备、仪器、软件等的购置费用或租赁费用，分摊方法不合理（未按实际研发使用时间/比例分摊）。

（4）委托外部研发费用：未按80%计入研发费用总额（企业应全额支付，按80%计入高企口径）；委托合同、支付凭证、研发成果归属约定不清晰；受托方不具备研发能力或合同真实性存疑。

3、研发费用结构不合理/占比不足：

（1）研发费用总额占同期销售收入总额的比例未达标（最近一年销售收入>2亿：≥3%；5000万-2亿：≥4%；<5000万：≥5%）。

（2）内部研发费用占比过低，过度依赖委托外部研发费用。

（3）人员人工费用占比异常低（可能意味着研发人员工资未全额计入或研发人员数量/工资不合理）。

（4）混淆高企认定口径与加计扣除口径：两者在费用范围、归集方法上有差异（如加计扣除有负面清单、人员范围限制更严），企业未正确区分，导致高企口径研发费用计算错误。

4、核算不规范，证据链缺失：

（1）未设立研发费用辅助账或辅助账设置不合理、不完整。这是最基础也是最重要的要求。

（2）研发费用未按研发项目单独归集核算，无法清晰追溯。

（3）原始凭证缺失或不支持：如研发人员工时记录表、研发领料单、研发设备使用记录、研发立项决议、预算、小试中试记录、试验进展分析、结题报告等关键支撑材料缺失、不完整或逻辑矛盾。

（4）记账凭证摘要模糊不清（如仅写“研发费用”、“技术服务费”），未明确到具体项目和活动。

三、高新技术产品（服务）收入风险点

1、收入界定不准确：

（1）将非高新技术产品（服务）的收入计入高新技术产品收入。

（2）技术收入（如技术转让、技术服务、接受委托研发）界定错误，将一般性的工程收入、售后服务收入、非技术性服务收入计入高新技术产品收入。

（3）高新技术产品收入中，核心知识产权对其发挥核心支持作用的证明力不足。无法清晰说明产品（服务）的核心技术是什么，以及该技术如何由企业的核心知识产权支撑。

2、收入占比不达标：

（1）高新技术产品（服务）收入占企业同期总收入的比例未达到60%。

（2）收入归集计算错误（例如总收入范围理解错误，漏计非经常性损益等）。

3、核算与证据问题：

（1）收入未按主要产品（服务）类别清晰分类核算。

（2）缺乏合同、发票、技术说明等充分证据链证明收入的“高新技术”属性。

四、科技人员占比风险点

1、人员范围界定错误：

（1）将非直接从事研发和相关技术创新活动的人员（如专职管理人员、后勤人员、生产工人、销售人员）计入科技人员。

（2）科技人员的定义把握不准确（需具有科研能力，从事研发或直接技术支持）。

2、比例计算错误：

（1）科技人员占企业当年职工总数的比例未达到10%。

（2）计算“当年职工总数”时未按全年月平均数计算（即各月平均数相加/12）。

（3）劳务派遣人员处理错误（一般不计入职工总数和科技人员数）。

（4）兼职、临时聘用人员的实际工作时间累计未满183天，却按全职计算。

3、证明材料缺失：

（1）缺乏清晰的科技人员名单、岗位说明、劳动合同（体现岗位职责）、学历/专业背景证明、社保缴纳记录、薪酬记录（特别是区分研发人员薪酬）。

（2）缺乏研发人员的工时分配记录（证明其实际从事研发活动的时间）。

五、研发组织管理水平风险点

1、制度文件形同虚设：

（1）制定了研发组织管理制度（立项、预算、设备、人员激励等）但实际未有效执行，存在“两张皮”现象。

（2）研发立项流程不规范，缺乏立项决议、可行性报告、预算明细、结题验收报告等关键文档，或文档内容空洞、流于形式。

（3）研发费用辅助账未实际运行或与财务账严重脱节。

2、产学研合作证据不足：

（1）合作协议内容空泛，缺乏具体合作项目、经费投入、权利义务、成果归属等实质性内容。

（2）实际未发生经费投入或投入凭证缺失。

（3）合作成果（如报告、专利、样机）证据不足或与合作协议无关。

3、成果转化能力存疑：

（1）申报的科技成果转化数量少、质量低，与研发投入不匹配。

（2）转化证明材料（如销售合同、检测报告、用户报告、生产批文）不足或不真实。

（3）产品与研发项目/成果之间的关联性不强。

六、持续性与变更风险点

1、认定后条件滑坡：

认定通过后，研发投入、人员占比、高新技术产品收入占比等关键指标不再满足认定条件。税务核查通常会覆盖优惠享受的整个期间（三年）。

2、重大变更未报告：

企业发生名称变更、重大经营业务变更、重大并购重组、分立、关键核心知识产权或研发人员重大流失等情况，未及时向认定机构报告，可能影响资格有效性。

3、发生重大安全、重大质量事故或有严重环境违法行为

（1）“重大事故”通常指造成人员死亡、重伤、重大财产损失或大规模产品召回的事件；

（2）“严重环境违法行为”包括被责令停产停业、吊销许可证、高额罚款或追究刑事责任等

高新技术企业核查的核心在于“真实性”和“持续性”。 企业必须确保各项指标数据真实、准确、有据可查，并在整个优惠期内持续符合认定条件，才能有效规避税收风险，真正享受政策红利。